Rosetta 3.3
Namespaces | Variables
src/python/apps/public/amino_acids.py File Reference

Namespaces

namespace  amino_acids

Variables

list amino_acids::amino_acids
dictionary amino_acids::longer_names
dictionary amino_acids::one_letter_names
dictionary amino_acids::short_to_long = {}
dictionary amino_acids::hpcg
dictionary amino_acids::size
dictionary amino_acids::frequency
dictionary amino_acids::HP
dictionary amino_acids::GES
dictionary amino_acids::extra_longer_names = {'TYY': 'Y', 'ARM': 'R', 'ARG': 'R', 'HTR': 'W', 'C5C': 'C', 'CY1': 'C', 'DPN': 'F', 'BHD': 'D', 'SCS': 'C', 'TPQ': 'A', 'MEN': 'N', 'SEP': 'S', 'KCX': 'K', 'TYB': 'Y', 'NMC': 'G', 'CSS': 'C', 'CSP': 'C', 'SET': 'S', 'EFC': 'C', 'CSW': 'C', 'TRP': 'W', 'BMT': 'T', 'CSX': 'C', 'SHC': 'C', 'NLE': 'L', 'OCS': 'C', 'DSN': 'S', 'DHA': 'A', 'TPL': 'W', 'HPQ': 'F', 'CSD': 'A', 'MSE': 'M', 'MLE': 'L', 'DLE': 'L', 'CSO': 'C', 'CY3': 'C', 'NLN': 'L', 'CYM': 'C', 'BUG': 'L', 'SAR': 'G', 'PEC': 'C', 'BUC': 'C', 'DAS': 'D', 'DAR': 'R', 'CYG': 'C', 'HIC': 'H', 'HMR': 'R', 'DAH': 'F', 'LLP': 'K', 'DAL': 'A', 'CEA': 'C', 'MPQ': 'G', 'HIS': 'H', 'CYQ': 'C', 'NLP': 'L', 'CYS': 'C', 'AIB': 'A', 'MSA': 'G', 'SEL': 'S', 'PCA': 'E', 'DIV': 'V', 'DTR': 'W', 'FLA': 'A', 'IYR': 'Y', 'DNP': 'A', '2AS': 'D', 'DTY': 'Y', 'HYP': 'P', 'ASX': 'B', 'SOC': 'C', 'CME': 'C', 'PRR': 'A', 'DPR': 'P', 'DTH': 'T', 'DIL': 'I', 'TYS': 'Y', 'TYR': 'Y', 'CXM': 'M', 'GL3': 'G', 'STY': 'Y', 'ALY': 'K', 'LEU': 'L', 'TRG': 'K', 'MET': 'M', 'MAA': 'A', 'ALA': 'A', 'PHE': 'F', 'SHR': 'K', 'HIP': 'H', 'PHL': 'F', 'ALM': 'A', 'PHI': 'F', 'ALO': 'T', 'MVA': 'V', 'OMT': 'M', 'FME': 'M', 'HAR': 'R', 'DLY': 'K', '5HP': 'E', 'BNN': 'A', 'PTR': 'Y', 'SCY': 'C', 'MHS': 'H', 'SVA': 'S', 'TRO': 'W', 'THR': 'T', 'AYA': 'A', 'HAC': 'A', 'GMA': 'E', 'CLE': 'L', 'TPO': 'T', 'CHG': 'A', 'VAL': 'V', 'LYZ': 'K', 'GSC': 'G', 'LTR': 'W', 'ASL': 'D', 'OAS': 'S', 'ASN': 'N', 'CGU': 'E', 'LYM': 'K', 'PR3': 'C', 'GGL': 'E', 'ASK': 'D', 'DCY': 'C', 'SCH': 'C', 'ASA': 'D', 'ASB': 'D', 'DGL': 'E', 'DGN': 'Q', 'IIL': 'I', 'PRO': 'P', 'SAC': 'S', 'LYS': 'K', 'SER': 'S', 'ASP': 'D', 'ASQ': 'D', 'NEM': 'H', 'BCS': 'C', 'NEP': 'H', 'GLU': 'E', 'SMC': 'C', 'DSP': 'D', 'MIS': 'S', 'TYQ': 'Y', 'TIH': 'A', 'C6C': 'C', 'GLZ': 'G', 'GLY': 'G', '3AH': 'H', 'ACL': 'R', 'CCS': 'C', 'DVA': 'V', 'LLY': 'K', 'GLX': 'Z', 'DHI': 'H', 'GLN': 'Q', 'ILE': 'I', 'AGM': 'R', 'PAQ': 'Y', 'MLY':'K'}
dictionary amino_acids::SA
 load the G-X-G surface areas surface_area = {} data = open('residue_surface_areas.dat','r') line = data.readline() line = data.readline() for i in range(20): l = string.split(line) assert l[0] in amino_acids surface_area[l[0]] = float(l[1]) line = data.readline() data.close()
dictionary amino_acids::modres
 All Classes Namespaces Files Functions Variables Typedefs Enumerations Enumerator Friends Defines