Rosetta 3.4
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protocols::MakeRotLib Namespace Reference

Classes

class  RotData

Typedefs

typedef utility::vector1< RotDataRotVec

Functions

Real angle_diff (Real a1, Real a2)
void asp_corrections (RotVec &rotamers)
void glu_corrections (RotVec &rotamers)
void phe_tyr_corrections (RotVec &rotamers)
void peptoid_trans_hack (RotVec &rotamers)
void peptoid_cis_hack (RotVec &rotamers)
void min_rotamers (RotVec &rotamers, core::scoring::ScoreFunctionOP scrfxn, std::string aa_name)
void init_rotamers_centroids (RotVec &rotamers, RotVec &centroids, Size &ncluster, std::string options_filename, std::string &aa_name, bool is_peptoid, Real omega_start_val, Real epsilon_start_val)
bool calc_rotamer_clusters (RotVec &rotamers)
bool calc_centroids (RotVec &rotamers, RotVec &centroids)
Real calc_dist (RotData &point1, RotData &point2)
Real avg_cluster_cen_dist (RotVec &rotamers, Size &ncluster)
void calc_all_dist (RotVec &rotamers, RotVec &centroids)
void get_final_rots (RotVec &rotamers, RotVec &final_rotamers, Size &nclusters)
void get_final_rot_probs (RotVec &final_rotamers)
void calc_std_dev (RotVec &final_rotamers, core::scoring::ScoreFunctionOP scrfxn, std::string aa_name)
void pretty_print_rd (RotData &rot)
void dunbrack_print (RotVec &final_rotamers, RotVec &centroids, std::string aa_name_full)

Typedef Documentation


Function Documentation

Real protocols::MakeRotLib::angle_diff ( Real  a1,
Real  a2 
)
void protocols::MakeRotLib::asp_corrections ( RotVec &  rotamers)
core::Real protocols::MakeRotLib::avg_cluster_cen_dist ( RotVec &  rotamers,
Size ncluster 
)
void protocols::MakeRotLib::calc_all_dist ( RotVec &  rotamers,
RotVec &  centroids 
)

References calc_dist().

bool protocols::MakeRotLib::calc_centroids ( RotVec &  rotamers,
RotVec &  centroids 
)
core::Real protocols::MakeRotLib::calc_dist ( RotData &  point1,
RotData &  point2 
)
bool protocols::MakeRotLib::calc_rotamer_clusters ( RotVec &  rotamers)
void protocols::MakeRotLib::calc_std_dev ( RotVec &  final_rotamers,
core::scoring::ScoreFunctionOP  scrfxn,
std::string  aa_name 
)
void protocols::MakeRotLib::dunbrack_print ( RotVec &  final_rotamers,
RotVec &  centroids,
std::string  aa_name_full 
)
void protocols::MakeRotLib::get_final_rot_probs ( RotVec &  final_rotamers)
void protocols::MakeRotLib::get_final_rots ( RotVec &  rotamers,
RotVec &  final_rotamers,
Size nclusters 
)
void protocols::MakeRotLib::glu_corrections ( RotVec &  rotamers)
void protocols::MakeRotLib::init_rotamers_centroids ( RotVec &  rotamers,
RotVec &  centroids,
Size ncluster,
std::string  options_filename,
std::string &  aa_name,
bool  is_peptoid,
Real  omega_start_val,
Real  epsilon_start_val 
)
void protocols::MakeRotLib::min_rotamers ( RotVec &  rotamers,
core::scoring::ScoreFunctionOP  scrfxn,
std::string  aa_name 
)
void protocols::MakeRotLib::peptoid_cis_hack ( RotVec &  rotamers)
void protocols::MakeRotLib::peptoid_trans_hack ( RotVec &  rotamers)
void protocols::MakeRotLib::phe_tyr_corrections ( RotVec &  rotamers)
void protocols::MakeRotLib::pretty_print_rd ( RotData &  rot)
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