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Public Member Functions | Static Public Member Functions
core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction Class Reference

#include <HBCountPairFunction.hh>

Inheritance diagram for core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction:
Inheritance graph
[legend]
Collaboration diagram for core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction:
Collaboration graph
[legend]

List of all members.

Public Member Functions

virtual ~HBCountPairFunction ()
template<class CPDATA1 , class CPDATA2 >
bool operator() (CPDATA1 at1dat, CPDATA2 at2dat, Real &, Size &)
 This is the main function for enforcing the sc/bb hbond exclusion rule. It works like this: the templated trie-vs-trie function asks this class (via it's operator() method) whether two atoms should have their interactions counted. This is answered by the logic in here that depends on two pieces of data. 1. whether an atom is a sidechain atom, and 2. whether the other atom ought to avoid hbonds to sidechain atoms. This second boolean is true iff a. the other atom is a backbone atom, b. the other atom is already participating in a bb/bb hbond, and c. the sc/bb-hydrogen-bond-exclusion rule is being enforced.
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, etable::EtableEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< HBAtom, HBCPData > const &trie1, trie::RotamerTrie< HBAtom, HBCPData > const &trie2, HBondEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
 HBONDS.
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< HBAtom, HBCPData > const &trie1, trie::RotamerTrie< HBAtom, HBCPData > const &trie2, HBondEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
 Hack Elec Energy.
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, hackelec::HackElecEnergy const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_trie (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &pair_energy_table, ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &temp_table)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)
virtual void resolve_trie_vs_path (trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie1, trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &trie2, methods::MMLJEnergyInter const &sfxn, utility::vector1< core::PackerEnergy > &pair_energy_vector, utility::vector1< core::PackerEnergy > &temp_vector)

Static Public Member Functions

static void print ()

Constructor & Destructor Documentation

core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::~HBCountPairFunction ( ) [virtual]

Member Function Documentation

template<class CPDATA1 , class CPDATA2 >
bool core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::operator() ( CPDATA1  at1dat,
CPDATA2  at2dat,
Real ,
Size  
) [inline]

This is the main function for enforcing the sc/bb hbond exclusion rule. It works like this: the templated trie-vs-trie function asks this class (via it's operator() method) whether two atoms should have their interactions counted. This is answered by the logic in here that depends on two pieces of data. 1. whether an atom is a sidechain atom, and 2. whether the other atom ought to avoid hbonds to sidechain atoms. This second boolean is true iff a. the other atom is a backbone atom, b. the other atom is already participating in a bb/bb hbond, and c. the sc/bb-hydrogen-bond-exclusion rule is being enforced.

------- USEFUL FUNCTIONS -------------///

void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::print ( ) [static]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< HBAtom, HBCPData > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< HBAtom, HBCPData > const &  trie2,
hbonds::HBondEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_path ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  pair_energy_vector,
utility::vector1< core::PackerEnergy > &  temp_vector 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]

---------- TYPE RESOLUTION FUNCTIONS ----------///

Implements core::scoring::trie::TrieCountPairBase.

void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< mm::mmtrie::MMEnergyTableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
methods::MMLJEnergyInter const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_1 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]

Hack Elec Energy.

Hack Elec E.

Implements core::scoring::trie::TrieCountPairBase.

void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< etable::etrie::EtableAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
etable::EtableEnergy const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< HBAtom, HBCPData > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< HBAtom, HBCPData > const &  trie2,
hbonds::HBondEnergy const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_2 > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
void core::scoring::hbonds::hbtrie::HBCountPairFunction::resolve_trie_vs_trie ( trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairData_1_3 > const &  trie1,
trie::RotamerTrie< hackelec::ElecAtom, etable::etrie::CountPairDataGeneric > const &  trie2,
hackelec::HackElecEnergy const &  sfxn,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  pair_energy_table,
ObjexxFCL::FArray2D< core::PackerEnergy > &  temp_table 
) [virtual]
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