Rosetta Utilities  2014.35
Functions | Variables
basic::options::OptionKeys::evaluation Namespace Reference

Functions

BooleanOptionKey const evaluation ("evaluation")
 
FileVectorOptionKey const rmsd_target ("evaluation:rmsd_target")
 
StringVectorOptionKey const rmsd_column ("evaluation:rmsd_column")
 
FileVectorOptionKey const rmsd_select ("evaluation:rmsd_select")
 
FileVectorOptionKey const align_rmsd_target ("evaluation:align_rmsd_target")
 
FileVectorOptionKey const structural_similarity ("evaluation:structural_similarity")
 
BooleanOptionKey const contact_map ("evaluation:contact_map")
 
StringVectorOptionKey const jscore_evaluator ("evaluation:jscore_evaluator")
 
StringVectorOptionKey const align_rmsd_column ("evaluation:align_rmsd_column")
 
FileVectorOptionKey const align_rmsd_fns ("evaluation:align_rmsd_fns")
 
StringOptionKey const align_rmsd_format ("evaluation:align_rmsd_format")
 
StringOptionKey const predicted_burial_fn ("evaluation:predicted_burial_fn")
 
FileOptionKey const pool ("evaluation:pool")
 
FileVectorOptionKey const rmsd ("evaluation:rmsd")
 
FileVectorOptionKey const chirmsd ("evaluation:chirmsd")
 
BooleanOptionKey const gdtmm ("evaluation:gdtmm")
 
BooleanOptionKey const gdttm ("evaluation:gdttm")
 
BooleanOptionKey const score_with_rmsd ("evaluation:score_with_rmsd")
 
FileVectorOptionKey const constraints ("evaluation:constraints")
 
FileVectorOptionKey const constraints_column ("evaluation:constraints_column")
 
FileVectorOptionKey const combined_constraints ("evaluation:combined_constraints")
 
FileVectorOptionKey const combined_constraints_column ("evaluation:combined_constraints_column")
 
IntegerOptionKey const combine_statistics ("evaluation:combine_statistics")
 
StringVectorOptionKey const chemical_shifts ("evaluation:chemical_shifts")
 
StringOptionKey const sparta_dir ("evaluation:sparta_dir")
 
StringVectorOptionKey const cam_shifts ("evaluation:cam_shifts")
 
StringVectorOptionKey const pales ("evaluation:pales")
 
FileVectorOptionKey const extra_score ("evaluation:extra_score")
 
FileVectorOptionKey const extra_score_patch ("evaluation:extra_score_patch")
 
StringVectorOptionKey const extra_score_column ("evaluation:extra_score_column")
 
FileVectorOptionKey const extra_score_select ("evaluation:extra_score_select")
 
FileVectorOptionKey const rdc_target ("evaluation:rdc_target")
 
BooleanOptionKey const symmetric_rmsd ("evaluation:symmetric_rmsd")
 
StringVectorOptionKey const rdc_column ("evaluation:rdc_column")
 
StringVectorOptionKey const rdc ("evaluation:rdc")
 
StringOptionKey const built_in_rdc ("evaluation:built_in_rdc")
 
BooleanOptionKey const jump_nr ("evaluation:jump_nr")
 
IntegerVectorOptionKey const score_exclude_res ("evaluation:score_exclude_res")
 
IntegerOptionKey const score_sscore_short_helix ("evaluation:score_sscore_short_helix")
 
IntegerOptionKey const score_sscore_maxloop ("evaluation:score_sscore_maxloop")
 
IntegerOptionKey const window_size ("evaluation:window_size")
 
StringOptionKey const I_sc ("evaluation:I_sc")
 
BooleanOptionKey const Irms ("evaluation:Irms")
 
BooleanOptionKey const Ca_Irms ("evaluation:Ca_Irms")
 
BooleanOptionKey const Fnat ("evaluation:Fnat")
 
BooleanOptionKey const Lrmsd ("evaluation:Lrmsd")
 
BooleanOptionKey const Fnonnat ("evaluation:Fnonnat")
 
BooleanOptionKey const DockMetrics ("evaluation:DockMetrics")
 

Variables

BooleanOptionKey const evaluation
 
FileVectorOptionKey const rmsd_target
 
StringVectorOptionKey const rmsd_column
 
FileVectorOptionKey const rmsd_select
 
FileVectorOptionKey const align_rmsd_target
 
FileVectorOptionKey const structural_similarity
 
BooleanOptionKey const contact_map
 
StringVectorOptionKey const jscore_evaluator
 
StringVectorOptionKey const align_rmsd_column
 
FileVectorOptionKey const align_rmsd_fns
 
StringOptionKey const align_rmsd_format
 
StringOptionKey const predicted_burial_fn
 
FileOptionKey const pool
 
FileVectorOptionKey const rmsd
 
FileVectorOptionKey const chirmsd
 
BooleanOptionKey const gdtmm
 
BooleanOptionKey const gdttm
 
BooleanOptionKey const score_with_rmsd
 
FileVectorOptionKey const constraints
 
FileVectorOptionKey const constraints_column
 
FileVectorOptionKey const combined_constraints
 
FileVectorOptionKey const combined_constraints_column
 
IntegerOptionKey const combine_statistics
 
StringVectorOptionKey const chemical_shifts
 
StringOptionKey const sparta_dir
 
StringVectorOptionKey const cam_shifts
 
StringVectorOptionKey const pales
 
FileVectorOptionKey const extra_score
 
FileVectorOptionKey const extra_score_patch
 
StringVectorOptionKey const extra_score_column
 
FileVectorOptionKey const extra_score_select
 
FileVectorOptionKey const rdc_target
 
BooleanOptionKey const symmetric_rmsd
 
StringVectorOptionKey const rdc_column
 
StringVectorOptionKey const rdc
 
StringOptionKey const built_in_rdc
 
BooleanOptionKey const jump_nr
 
IntegerVectorOptionKey const score_exclude_res
 
IntegerOptionKey const score_sscore_short_helix
 
IntegerOptionKey const score_sscore_maxloop
 
IntegerOptionKey const window_size
 
StringOptionKey const I_sc
 
BooleanOptionKey const Irms
 
BooleanOptionKey const Ca_Irms
 
BooleanOptionKey const Fnat
 
BooleanOptionKey const Lrmsd
 
BooleanOptionKey const Fnonnat
 
BooleanOptionKey const DockMetrics
 

Function Documentation

StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::align_rmsd_column ( "evaluation:align_rmsd_column"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::align_rmsd_fns ( "evaluation:align_rmsd_fns"  )
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::align_rmsd_format ( "evaluation:align_rmsd_format"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::align_rmsd_target ( "evaluation:align_rmsd_target"  )
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::built_in_rdc ( "evaluation:built_in_rdc"  )
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::Ca_Irms ( "evaluation:Ca_Irms"  )
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::cam_shifts ( "evaluation:cam_shifts"  )
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::chemical_shifts ( "evaluation:chemical_shifts"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::chirmsd ( "evaluation:chirmsd"  )
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::combine_statistics ( "evaluation:combine_statistics"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::combined_constraints ( "evaluation:combined_constraints"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::combined_constraints_column ( "evaluation:combined_constraints_column"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::constraints ( "evaluation:constraints"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::constraints_column ( "evaluation:constraints_column"  )
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::contact_map ( "evaluation:contact_map"  )
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::DockMetrics ( "evaluation:DockMetrics"  )
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::evaluation ( "evaluation"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::extra_score ( "evaluation:extra_score"  )
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::extra_score_column ( "evaluation:extra_score_column"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::extra_score_patch ( "evaluation:extra_score_patch"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::extra_score_select ( "evaluation:extra_score_select"  )
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::Fnat ( "evaluation:Fnat"  )
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::Fnonnat ( "evaluation:Fnonnat"  )
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::gdtmm ( "evaluation:gdtmm"  )
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::gdttm ( "evaluation:gdttm"  )
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::I_sc ( "evaluation:I_sc"  )
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::Irms ( "evaluation:Irms"  )
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::jscore_evaluator ( "evaluation:jscore_evaluator"  )
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::jump_nr ( "evaluation:jump_nr"  )
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::Lrmsd ( "evaluation:Lrmsd"  )
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::pales ( "evaluation:pales"  )
FileOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::pool ( "evaluation:pool"  )
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::predicted_burial_fn ( "evaluation:predicted_burial_fn"  )
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::rdc ( "evaluation:rdc"  )
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::rdc_column ( "evaluation:rdc_column"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::rdc_target ( "evaluation:rdc_target"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::rmsd ( "evaluation:rmsd"  )
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::rmsd_column ( "evaluation:rmsd_column"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::rmsd_select ( "evaluation:rmsd_select"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::rmsd_target ( "evaluation:rmsd_target"  )
IntegerVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::score_exclude_res ( "evaluation:score_exclude_res"  )
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::score_sscore_maxloop ( "evaluation:score_sscore_maxloop"  )
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::score_sscore_short_helix ( "evaluation:score_sscore_short_helix"  )
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::score_with_rmsd ( "evaluation:score_with_rmsd"  )
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::sparta_dir ( "evaluation:sparta_dir"  )
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::structural_similarity ( "evaluation:structural_similarity"  )
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::symmetric_rmsd ( "evaluation:symmetric_rmsd"  )
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::window_size ( "evaluation:window_size"  )

Variable Documentation

StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::align_rmsd_column("evaluation:align_rmsd_column")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::align_rmsd_fns("evaluation:align_rmsd_fns")

Referenced by add_rosetta_options_0().

StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::align_rmsd_format("evaluation:align_rmsd_format")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::align_rmsd_target("evaluation:align_rmsd_target")

Referenced by add_rosetta_options_0().

StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::built_in_rdc("evaluation:built_in_rdc")

Referenced by add_rosetta_options_0().

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::Ca_Irms("evaluation:Ca_Irms")

Referenced by add_rosetta_options_0().

StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::cam_shifts("evaluation:cam_shifts")

Referenced by add_rosetta_options_0().

StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::chemical_shifts("evaluation:chemical_shifts")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::chirmsd("evaluation:chirmsd")

Referenced by add_rosetta_options_0().

IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::combine_statistics("evaluation:combine_statistics")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::combined_constraints("evaluation:combined_constraints")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::combined_constraints_column("evaluation:combined_constraints_column")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::constraints("evaluation:constraints")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::constraints_column("evaluation:constraints_column")

Referenced by add_rosetta_options_0().

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::contact_map("evaluation:contact_map")

Referenced by add_rosetta_options_0().

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::DockMetrics("evaluation:DockMetrics")

Referenced by add_rosetta_options_0().

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::evaluation("evaluation")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::extra_score("evaluation:extra_score")

Referenced by add_rosetta_options_0().

StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::extra_score_column("evaluation:extra_score_column")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::extra_score_patch("evaluation:extra_score_patch")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::extra_score_select("evaluation:extra_score_select")

Referenced by add_rosetta_options_0().

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::Fnat("evaluation:Fnat")

Referenced by add_rosetta_options_0().

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::Fnonnat("evaluation:Fnonnat")

Referenced by add_rosetta_options_0().

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::gdtmm("evaluation:gdtmm")

Referenced by add_rosetta_options_0().

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::gdttm("evaluation:gdttm")

Referenced by add_rosetta_options_0().

StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::I_sc("evaluation:I_sc")

Referenced by add_rosetta_options_0().

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::Irms("evaluation:Irms")

Referenced by add_rosetta_options_0().

StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::jscore_evaluator("evaluation:jscore_evaluator")

Referenced by add_rosetta_options_0().

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::jump_nr("evaluation:jump_nr")

Referenced by add_rosetta_options_0().

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::Lrmsd("evaluation:Lrmsd")

Referenced by add_rosetta_options_0().

StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::pales("evaluation:pales")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::pool("evaluation:pool")

Referenced by add_rosetta_options_0().

StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::predicted_burial_fn("evaluation:predicted_burial_fn")

Referenced by add_rosetta_options_0().

StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::rdc("evaluation:rdc")

Referenced by add_rosetta_options_0().

StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::rdc_column("evaluation:rdc_column")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::rdc_target("evaluation:rdc_target")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::rmsd("evaluation:rmsd")
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::rmsd_column("evaluation:rmsd_column")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::rmsd_select("evaluation:rmsd_select")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::rmsd_target("evaluation:rmsd_target")

Referenced by add_rosetta_options_0().

IntegerVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::score_exclude_res("evaluation:score_exclude_res")

Referenced by add_rosetta_options_0().

IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::score_sscore_maxloop("evaluation:score_sscore_maxloop")

Referenced by add_rosetta_options_0().

IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::score_sscore_short_helix("evaluation:score_sscore_short_helix")

Referenced by add_rosetta_options_0().

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::score_with_rmsd("evaluation:score_with_rmsd")

Referenced by add_rosetta_options_0().

StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::sparta_dir("evaluation:sparta_dir")

Referenced by add_rosetta_options_0().

FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::structural_similarity("evaluation:structural_similarity")

Referenced by add_rosetta_options_0().

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::symmetric_rmsd("evaluation:symmetric_rmsd")
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::evaluation::window_size("evaluation:window_size")

Referenced by add_rosetta_options_0().