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Namespaces | Variables
rna.OptionKeys.gen.hh File Reference

basic::options::OptionKeys collection More...

#include <basic/options/keys/OptionKeys.hh>

Namespaces

 basic
 Tags used to tag messeges sent by MPI functions used to decide whether a slave is requesting a new job id or flagging as job as being a bad input.
 
 basic::options
 
 basic::options::OptionKeys
 
 basic::options::OptionKeys::rna
 
 basic::options::OptionKeys::rna::denovo
 
 basic::options::OptionKeys::rna::denovo::out
 
 basic::options::OptionKeys::rna::denovo::db
 
 basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize
 
 basic::options::OptionKeys::rna::erraser
 

Variables

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::rna
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::corrected_geo
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::vary_geometry
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::data_file
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::cut_at_rna_chainbreak
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::evaluate_base_pairs
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::denovo
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::cycles
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::rna_protein_docking_freq
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::rounds
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::temperature
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize_rna
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::sequence
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::secstruct
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::secstruct_general
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::secstruct_file
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::secstruct_general_file
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::secstruct_legacy
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::lores_scorefxn
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::set_lores_weights
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::symm_hack_arity
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::exhaustive_fragment_insertion
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::filter_lores_base_pairs
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::filter_lores_base_pairs_early
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::filter_chain_closure
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::filter_chain_closure_halfway
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::filter_chain_closure_distance
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::relax_rna
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::simple_relax
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::ignore_secstruct
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::jump_change_frequency
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::close_loops
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::close_loops_after_each_move
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::heat
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::staged_constraints
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::jump_library_file
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::vall_torsions
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::use_1jj2_torsions
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::fuzz_fragments
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::rna_lores_chainbreak_weight
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::rna_lores_linear_chainbreak_weight
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::fixed_stems
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::allow_bulge
 
IntegerVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::allowed_bulge_res
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::allow_consecutive_bulges
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::move_first_rigid_body
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::root_at_first_rigid_body
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::dock_each_chunk
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::dock_each_chunk_per_chain
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::dock_chunks
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::center_jumps_in_single_stranded
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::initial_structures
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::ft_close_chains
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::helical_substructs
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::suppress_bp_constraint
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::output_filters
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::autofilter
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::no_filters
 
ResidueChainVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::output_res_num
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::offset
 
ResidueChainVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::input_silent_res
 
ResidueChainVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::virtual_anchor
 
ResidueChainVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::obligate_pair
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::obligate_pair_explicit
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::chain_connection
 
ResidueChainVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::remove_pair
 
ResidueChainVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::remove_obligate_pair
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::refine_silent_file
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::refine_silent_tags
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::refine_silent_number_of_poses
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::get_fold_tree_from_silent_file
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::fold_tree_from_silent_file_tag
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::refine_native_get_good_FT
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::refine_native
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::override_refine_pose_rounds
 
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BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::disallow_bps_at_extra_min_res
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::allow_fragment_moves_in_bps
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::frag_size
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::VDW_rep_screen_include_sidechains
 
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StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::tag
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::working_native
 
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RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::docking_move_size
 
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BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::rnp_pack_first
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::rnp_min_first
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::rnp_ramp_rep
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::new_fold_tree_initializer
 
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BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::dock_into_density
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::dock_into_density_legacy
 
IntegerVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::exclude_fragments
 
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RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::fragment_homology_rmsd
 
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StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::exclude_fragment_files
 
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IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::out::output_score_frequency
 
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StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::out::output_jump_reference_RT
 
RealVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::out::target_xyz
 
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StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::out::output_histogram_file
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::out::jump_histogram_boxsize
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::out::jump_histogram_binwidth
 
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BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize::skip_coord_constraints
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize::skip_o2prime_trials
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize::deriv_check
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize::minimizer_use_coordinate_constraints
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize::min_type
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize::minimize_bps
 
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BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize::minimize_protein_sc
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize::protein_packing
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize::protein_pack_all
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize::protein_packing_distance
 
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ResidueChainVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize::extra_minimize_chi_res
 
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BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize::minimize_nblist_auto_update
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::denovo::minimize::minimize_max_iter
 
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BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::erraser::rna_prot_erraser
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::erraser::constrain_P
 
ResidueChainVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::erraser::fixed_res
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::erraser::ready_set_only
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::erraser::skip_minimize
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::rna::erraser::attempt_pyrimidine_flip
 

Detailed Description

basic::options::OptionKeys collection

Author
Stuart G. Mentzer (Stuar.nosp@m.t_Me.nosp@m.ntzer.nosp@m.@obj.nosp@m.exx.c.nosp@m.om)
James M. Thompson (tex@u.nosp@m..was.nosp@m.hingt.nosp@m.on.e.nosp@m.du)