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Namespaces

 rna
 
 rna::denovo
 
 rna::denovo::out
 
 rna::denovo::db
 
 rna::denovo::minimize
 
 rna::erraser
 
 rotamerdump
 
 sample_around
 
 sicdock
 
 legacy_sewing
 
 sewing
 
 SSrbrelax
 
 stepwise
 
 stepwise::monte_carlo
 

Functions

StringVectorOptionKey const rna::denovo::sequence ("rna:denovo:sequence")
 
StringOptionKey const rna::denovo::secstruct ("rna:denovo:secstruct")
 
StringOptionKey const rna::denovo::secstruct_general ("rna:denovo:secstruct_general")
 
StringOptionKey const rna::denovo::secstruct_file ("rna:denovo:secstruct_file")
 
StringOptionKey const rna::denovo::secstruct_general_file ("rna:denovo:secstruct_general_file")
 
StringOptionKey const rna::denovo::secstruct_legacy ("rna:denovo:secstruct_legacy")
 
StringOptionKey const rna::denovo::lores_scorefxn ("rna:denovo:lores_scorefxn")
 
StringVectorOptionKey const rna::denovo::set_lores_weights ("rna:denovo:set_lores_weights")
 
IntegerOptionKey const rna::denovo::symm_hack_arity ("rna:denovo:symm_hack_arity")
 
IntegerOptionKey const rna::denovo::exhaustive_fragment_insertion ("rna:denovo:exhaustive_fragment_insertion")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::filter_lores_base_pairs ("rna:denovo:filter_lores_base_pairs")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::filter_lores_base_pairs_early ("rna:denovo:filter_lores_base_pairs_early")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::filter_chain_closure ("rna:denovo:filter_chain_closure")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::filter_chain_closure_halfway ("rna:denovo:filter_chain_closure_halfway")
 
RealOptionKey const rna::denovo::filter_chain_closure_distance ("rna:denovo:filter_chain_closure_distance")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::relax_rna ("rna:denovo:relax_rna")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::simple_relax ("rna:denovo:simple_relax")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::ignore_secstruct ("rna:denovo:ignore_secstruct")
 
RealOptionKey const rna::denovo::jump_change_frequency ("rna:denovo:jump_change_frequency")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::close_loops ("rna:denovo:close_loops")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::close_loops_after_each_move ("rna:denovo:close_loops_after_each_move")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::heat ("rna:denovo:heat")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::staged_constraints ("rna:denovo:staged_constraints")
 
StringOptionKey const rna::denovo::jump_library_file ("rna:denovo:jump_library_file")
 
StringOptionKey const rna::denovo::vall_torsions ("rna:denovo:vall_torsions")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::use_1jj2_torsions ("rna:denovo:use_1jj2_torsions")
 
RealOptionKey const rna::denovo::fuzz_fragments ("rna:denovo:fuzz_fragments")
 
RealOptionKey const rna::denovo::rna_lores_chainbreak_weight ("rna:denovo:rna_lores_chainbreak_weight")
 
RealOptionKey const rna::denovo::rna_lores_linear_chainbreak_weight ("rna:denovo:rna_lores_linear_chainbreak_weight")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::fixed_stems ("rna:denovo:fixed_stems")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::allow_bulge ("rna:denovo:allow_bulge")
 
IntegerVectorOptionKey const rna::denovo::allowed_bulge_res ("rna:denovo:allowed_bulge_res")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::allow_consecutive_bulges ("rna:denovo:allow_consecutive_bulges")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::move_first_rigid_body ("rna:denovo:move_first_rigid_body")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::root_at_first_rigid_body ("rna:denovo:root_at_first_rigid_body")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::dock_each_chunk ("rna:denovo:dock_each_chunk")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::dock_each_chunk_per_chain ("rna:denovo:dock_each_chunk_per_chain")
 
FileVectorOptionKey const rna::denovo::dock_chunks ("rna:denovo:dock_chunks")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::center_jumps_in_single_stranded ("rna:denovo:center_jumps_in_single_stranded")
 
FileVectorOptionKey const rna::denovo::initial_structures ("rna:denovo:initial_structures")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::ft_close_chains ("rna:denovo:ft_close_chains")
 
FileVectorOptionKey const rna::denovo::helical_substructs ("rna:denovo:helical_substructs")
 
RealOptionKey const rna::denovo::suppress_bp_constraint ("rna:denovo:suppress_bp_constraint")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::output_filters ("rna:denovo:output_filters")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::autofilter ("rna:denovo:autofilter")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::no_filters ("rna:denovo:no_filters")
 
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::output_res_num ("rna:denovo:output_res_num")
 
IntegerOptionKey const rna::denovo::offset ("rna:denovo:offset")
 
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::input_silent_res ("rna:denovo:input_silent_res")
 
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::virtual_anchor ("rna:denovo:virtual_anchor")
 
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::obligate_pair ("rna:denovo:obligate_pair")
 
StringVectorOptionKey const rna::denovo::obligate_pair_explicit ("rna:denovo:obligate_pair_explicit")
 
StringVectorOptionKey const rna::denovo::chain_connection ("rna:denovo:chain_connection")
 
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::remove_pair ("rna:denovo:remove_pair")
 
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::remove_obligate_pair ("rna:denovo:remove_obligate_pair")
 
StringOptionKey const rna::denovo::refine_silent_file ("rna:denovo:refine_silent_file")
 
StringVectorOptionKey const rna::denovo::refine_silent_tags ("rna:denovo:refine_silent_tags")
 
IntegerOptionKey const rna::denovo::refine_silent_number_of_poses ("rna:denovo:refine_silent_number_of_poses")
 
StringOptionKey const rna::denovo::get_fold_tree_from_silent_file ("rna:denovo:get_fold_tree_from_silent_file")
 
StringVectorOptionKey const rna::denovo::fold_tree_from_silent_file_tag ("rna:denovo:fold_tree_from_silent_file_tag")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::refine_native_get_good_FT ("rna:denovo:refine_native_get_good_FT")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::refine_native ("rna:denovo:refine_native")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::override_refine_pose_rounds ("rna:denovo:override_refine_pose_rounds")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::bps_moves ("rna:denovo:bps_moves")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::disallow_bps_at_extra_min_res ("rna:denovo:disallow_bps_at_extra_min_res")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::allow_fragment_moves_in_bps ("rna:denovo:allow_fragment_moves_in_bps")
 
IntegerOptionKey const rna::denovo::frag_size ("rna:denovo:frag_size")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::VDW_rep_screen_include_sidechains ("rna:denovo:VDW_rep_screen_include_sidechains")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::gradual_constraints ("rna:denovo:gradual_constraints")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::ramp_rnp_vdw ("rna:denovo:ramp_rnp_vdw")
 
RealOptionKey const rna::denovo::grid_vdw_weight ("rna:denovo:grid_vdw_weight")
 
StringOptionKey const rna::denovo::tag ("rna:denovo:tag")
 
StringOptionKey const rna::denovo::working_native ("rna:denovo:working_native")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::use_legacy_setup ("rna:denovo:use_legacy_setup")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::cst_gap ("rna:denovo:cst_gap")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::convert_protein_CEN ("rna:denovo:convert_protein_CEN")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::rna_protein_docking ("rna:denovo:rna_protein_docking")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::small_docking_moves ("rna:denovo:small_docking_moves")
 
RealOptionKey const rna::denovo::docking_move_size ("rna:denovo:docking_move_size")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::rna_protein_docking_legacy ("rna:denovo:rna_protein_docking_legacy")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::rnp_high_res_relax ("rna:denovo:rnp_high_res_relax")
 
IntegerOptionKey const rna::denovo::rnp_high_res_cycles ("rna:denovo:rnp_high_res_cycles")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::rnp_pack_first ("rna:denovo:rnp_pack_first")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::rnp_min_first ("rna:denovo:rnp_min_first")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::rnp_ramp_rep ("rna:denovo:rnp_ramp_rep")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::new_fold_tree_initializer ("rna:denovo:new_fold_tree_initializer")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::randomize_init_rnp ("rna:denovo:randomize_init_rnp")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::dock_into_density ("rna:denovo:dock_into_density")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::dock_into_density_legacy ("rna:denovo:dock_into_density_legacy")
 
IntegerVectorOptionKey const rna::denovo::exclude_fragments ("rna:denovo:exclude_fragments")
 
StringOptionKey const rna::denovo::exclusion_match_type ("rna:denovo:exclusion_match_type")
 
RealOptionKey const rna::denovo::fragment_homology_rmsd ("rna:denovo:fragment_homology_rmsd")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::exclude_native_fragments ("rna:denovo:exclude_native_fragments")
 
StringVectorOptionKey const rna::denovo::exclude_fragment_files ("rna:denovo:exclude_fragment_files")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::dump_stems ("rna:denovo:dump_stems")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::out::out ("rna:denovo:out")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::out::output_lores_silent_file ("rna:denovo:out:output_lores_silent_file")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::out::dump ("rna:denovo:out:dump")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::out::binary_output ("rna:denovo:out:binary_output")
 
StringOptionKey const rna::denovo::out::output_score_file ("rna:denovo:out:output_score_file")
 
IntegerOptionKey const rna::denovo::out::output_score_frequency ("rna:denovo:out:output_score_frequency")
 
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::out::output_jump_res ("rna:denovo:out:output_jump_res")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::out::output_jump_o3p_to_o5p ("rna:denovo:out:output_jump_o3p_to_o5p")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::out::output_jump_chainbreak ("rna:denovo:out:output_jump_chainbreak")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::out::output_rotation_vector ("rna:denovo:out:output_rotation_vector")
 
StringOptionKey const rna::denovo::out::output_jump_reference_RT ("rna:denovo:out:output_jump_reference_RT")
 
RealVectorOptionKey const rna::denovo::out::target_xyz ("rna:denovo:out:target_xyz")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::out::save_jump_histogram ("rna:denovo:out:save_jump_histogram")
 
StringOptionKey const rna::denovo::out::output_histogram_file ("rna:denovo:out:output_histogram_file")
 
RealOptionKey const rna::denovo::out::jump_histogram_boxsize ("rna:denovo:out:jump_histogram_boxsize")
 
RealOptionKey const rna::denovo::out::jump_histogram_binwidth ("rna:denovo:out:jump_histogram_binwidth")
 
RealOptionKey const rna::denovo::out::jump_histogram_binwidth_rotvector ("rna:denovo:out:jump_histogram_binwidth_rotvector")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::db::db ("rna:denovo:db")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::db::jump_database ("rna:denovo:db:jump_database")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::db::bps_database ("rna:denovo:db:bps_database")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize ("rna:denovo:minimize")
 
IntegerOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_rounds ("rna:denovo:minimize:minimize_rounds")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::skip_coord_constraints ("rna:denovo:minimize:skip_coord_constraints")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::skip_o2prime_trials ("rna:denovo:minimize:skip_o2prime_trials")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::deriv_check ("rna:denovo:minimize:deriv_check")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimizer_use_coordinate_constraints ("rna:denovo:minimize:minimizer_use_coordinate_constraints")
 
StringOptionKey const rna::denovo::minimize::min_type ("rna:denovo:minimize:min_type")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_bps ("rna:denovo:minimize:minimize_bps")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_all_protein ("rna:denovo:minimize:minimize_all_protein")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_protein_sc ("rna:denovo:minimize:minimize_protein_sc")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::protein_packing ("rna:denovo:minimize:protein_packing")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::protein_pack_all ("rna:denovo:minimize:protein_pack_all")
 
RealOptionKey const rna::denovo::minimize::protein_packing_distance ("rna:denovo:minimize:protein_packing_distance")
 
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::minimize::extra_minimize_res ("rna:denovo:minimize:extra_minimize_res")
 
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::minimize::extra_minimize_chi_res ("rna:denovo:minimize:extra_minimize_chi_res")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_use_nblist ("rna:denovo:minimize:minimize_use_nblist")
 
BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_nblist_auto_update ("rna:denovo:minimize:minimize_nblist_auto_update")
 
IntegerOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_max_iter ("rna:denovo:minimize:minimize_max_iter")
 
BooleanOptionKey const rna::erraser::erraser ("rna:erraser")
 
BooleanOptionKey const rna::erraser::rna_prot_erraser ("rna:erraser:rna_prot_erraser")
 
BooleanOptionKey const rna::erraser::constrain_P ("rna:erraser:constrain_P")
 
ResidueChainVectorOptionKey const rna::erraser::fixed_res ("rna:erraser:fixed_res")
 
BooleanOptionKey const rna::erraser::ready_set_only ("rna:erraser:ready_set_only")
 
BooleanOptionKey const rna::erraser::skip_minimize ("rna:erraser:skip_minimize")
 
BooleanOptionKey const rna::erraser::attempt_pyrimidine_flip ("rna:erraser:attempt_pyrimidine_flip")
 
BooleanOptionKey const rotamerdump::rotamerdump ("rotamerdump")
 
BooleanOptionKey const rotamerdump::xyz ("rotamerdump:xyz")
 
BooleanOptionKey const rotamerdump::one_body ("rotamerdump:one_body")
 
BooleanOptionKey const rotamerdump::two_body ("rotamerdump:two_body")
 
BooleanOptionKey const rotamerdump::annealer ("rotamerdump:annealer")
 
BooleanOptionKey const sample_around::sample_around ("sample_around")
 
RealOptionKey const sample_around::alpha_increment ("sample_around:alpha_increment")
 
RealOptionKey const sample_around::cosbeta_increment ("sample_around:cosbeta_increment")
 
RealOptionKey const sample_around::gamma_increment ("sample_around:gamma_increment")
 
BooleanOptionKey const sicdock::sicdock ("sicdock")
 
RealOptionKey const sicdock::clash_dis ("sicdock:clash_dis")
 
RealOptionKey const sicdock::contact_dis ("sicdock:contact_dis")
 
RealOptionKey const sicdock::hash_2D_vs_3D ("sicdock:hash_2D_vs_3D")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::legacy_sewing ("legacy_sewing")
 
FileOptionKey const legacy_sewing::model_file_name ("legacy_sewing:model_file_name")
 
FileOptionKey const legacy_sewing::score_file_name ("legacy_sewing:score_file_name")
 
FileOptionKey const legacy_sewing::new_model_file_name ("legacy_sewing:new_model_file_name")
 
StringOptionKey const legacy_sewing::remove_any_dssp ("legacy_sewing:remove_any_dssp")
 
StringOptionKey const legacy_sewing::remove_all_dssp ("legacy_sewing:remove_all_dssp")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::min_helix_length ("legacy_sewing:min_helix_length")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::max_helix_length ("legacy_sewing:max_helix_length")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::min_loop_length ("legacy_sewing:min_loop_length")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::max_loop_length ("legacy_sewing:max_loop_length")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::min_strand_length ("legacy_sewing:min_strand_length")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::max_strand_length ("legacy_sewing:max_strand_length")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::leave_models_by_ss_num ("legacy_sewing:leave_models_by_ss_num")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::model_should_have_this_num_of_ss ("legacy_sewing:model_should_have_this_num_of_ss")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::model_should_have_at_least_1_E_at_terminal_segment ("legacy_sewing:model_should_have_at_least_1_E_at_terminal_segment")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::model_should_have_at_least_1_E ("legacy_sewing:model_should_have_at_least_1_E")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::model_should_have_at_least_1_H ("legacy_sewing:model_should_have_at_least_1_H")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::leave_models_with_E_terminal_ss ("legacy_sewing:leave_models_with_E_terminal_ss")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::leave_models_with_H_terminal_ss ("legacy_sewing:leave_models_with_H_terminal_ss")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::leave_antiparallel_way_H_bonded_models_by_terminal_strands ("legacy_sewing:leave_antiparallel_way_H_bonded_models_by_terminal_strands")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::leave_parallel_way_H_bonded_models_by_terminal_strands ("legacy_sewing:leave_parallel_way_H_bonded_models_by_terminal_strands")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::leave_certain_model_ids ("legacy_sewing:leave_certain_model_ids")
 
StringOptionKey const legacy_sewing::leave_these_model_ids ("legacy_sewing:leave_these_model_ids")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::box_length ("legacy_sewing:box_length")
 
StringOptionKey const legacy_sewing::mode ("legacy_sewing:mode")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::disregard_num_segment_matches ("legacy_sewing:disregard_num_segment_matches")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::do_not_remove_connection_inconsistencies ("legacy_sewing:do_not_remove_connection_inconsistencies")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::score_between_opposite_terminal_segments ("legacy_sewing:score_between_opposite_terminal_segments")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::num_models_to_dump ("legacy_sewing:num_models_to_dump")
 
IntegerVectorOptionKey const legacy_sewing::models_to_dump ("legacy_sewing:models_to_dump")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::min_hash_score ("legacy_sewing:min_hash_score")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::max_clash_score ("legacy_sewing:max_clash_score")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::num_segments_to_match ("legacy_sewing:num_segments_to_match")
 
IntegerVectorOptionKey const legacy_sewing::match_segments ("legacy_sewing:match_segments")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::max_models ("legacy_sewing:max_models")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::starting_model ("legacy_sewing:starting_model")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::num_procs ("legacy_sewing:num_procs")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::rank ("legacy_sewing:rank")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::hash_tag_only_terminal_Es ("legacy_sewing:hash_tag_only_terminal_Es")
 
StringOptionKey const legacy_sewing::assembly_type ("legacy_sewing:assembly_type")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::num_edges_to_follow ("legacy_sewing:num_edges_to_follow")
 
RealOptionKey const legacy_sewing::base_native_bonus ("legacy_sewing:base_native_bonus")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::neighbor_cutoff ("legacy_sewing:neighbor_cutoff")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::dump_pdbs ("legacy_sewing:dump_pdbs")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::skip_refinement ("legacy_sewing:skip_refinement")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::skip_filters ("legacy_sewing:skip_filters")
 
RealOptionKey const legacy_sewing::min_motif_score ("legacy_sewing:min_motif_score")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::may_add_already_added_model ("legacy_sewing:may_add_already_added_model")
 
RealOptionKey const legacy_sewing::offset_bump_dsq ("legacy_sewing:offset_bump_dsq")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::num_repeats ("legacy_sewing:num_repeats")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::repeat ("legacy_sewing:repeat")
 
IntegerVectorOptionKey const legacy_sewing::pose_segment_starts ("legacy_sewing:pose_segment_starts")
 
IntegerVectorOptionKey const legacy_sewing::pose_segment_ends ("legacy_sewing:pose_segment_ends")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::keep_source_segments ("legacy_sewing:keep_source_segments")
 
FileOptionKey const legacy_sewing::partner_pdb ("legacy_sewing:partner_pdb")
 
IntegerVectorOptionKey const legacy_sewing::keep_model_residues ("legacy_sewing:keep_model_residues")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::output_alignments_to_file ("legacy_sewing:output_alignments_to_file")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::min_lh_fragments ("legacy_sewing:min_lh_fragments")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::skip_loop_generation ("legacy_sewing:skip_loop_generation")
 
RealOptionKey const legacy_sewing::calcium_motif_score_weight ("legacy_sewing:calcium_motif_score_weight")
 
IntegerOptionKey const legacy_sewing::max_ss_num ("legacy_sewing:max_ss_num")
 
BooleanOptionKey const legacy_sewing::dump_every_model ("legacy_sewing:dump_every_model")
 
BooleanOptionKey const sewing::sewing ("sewing")
 
StringOptionKey const sewing::edge_file_name ("sewing:edge_file_name")
 
FileOptionKey const sewing::model_file_name ("sewing:model_file_name")
 
IntegerVectorOptionKey const sewing::match_segments ("sewing:match_segments")
 
IntegerVectorOptionKey const sewing::pose_segment_starts ("sewing:pose_segment_starts")
 
IntegerVectorOptionKey const sewing::pose_segment_ends ("sewing:pose_segment_ends")
 
IntegerOptionKey const sewing::recursive_depth ("sewing:recursive_depth")
 
IntegerOptionKey const sewing::min_hash_score ("sewing:min_hash_score")
 
IntegerOptionKey const sewing::max_clash_score ("sewing:max_clash_score")
 
IntegerOptionKey const sewing::box_length ("sewing:box_length")
 
BooleanOptionKey const sewing::score_between_opposite_terminal_segments ("sewing:score_between_opposite_terminal_segments")
 
BooleanOptionKey const SSrbrelax::SSrbrelax ("SSrbrelax")
 
FileOptionKey const SSrbrelax::rb_file ("SSrbrelax:rb_file")
 
FileOptionKey const SSrbrelax::rb_param_file ("SSrbrelax:rb_param_file")
 
IntegerVectorOptionKey const SSrbrelax::frag_sizes ("SSrbrelax:frag_sizes")
 
FileVectorOptionKey const SSrbrelax::frag_files ("SSrbrelax:frag_files")
 
BooleanOptionKey const stepwise::stepwise ("stepwise")
 
StringVectorOptionKey const stepwise::s1 ("stepwise:s1")
 
StringVectorOptionKey const stepwise::s2 ("stepwise:s2")
 
StringVectorOptionKey const stepwise::silent1 ("stepwise:silent1")
 
StringVectorOptionKey const stepwise::silent2 ("stepwise:silent2")
 
StringVectorOptionKey const stepwise::tags1 ("stepwise:tags1")
 
StringVectorOptionKey const stepwise::tags2 ("stepwise:tags2")
 
IntegerVectorOptionKey const stepwise::slice_res1 ("stepwise:slice_res1")
 
IntegerVectorOptionKey const stepwise::slice_res2 ("stepwise:slice_res2")
 
IntegerVectorOptionKey const stepwise::input_res1 ("stepwise:input_res1")
 
IntegerVectorOptionKey const stepwise::input_res2 ("stepwise:input_res2")
 
BooleanOptionKey const stepwise::backbone_only1 ("stepwise:backbone_only1")
 
BooleanOptionKey const stepwise::backbone_only2 ("stepwise:backbone_only2")
 
IntegerVectorOptionKey const stepwise::fixed_res ("stepwise:fixed_res")
 
BooleanOptionKey const stepwise::test_encapsulation ("stepwise:test_encapsulation")
 
BooleanOptionKey const stepwise::choose_random ("stepwise:choose_random")
 
IntegerOptionKey const stepwise::num_random_samples ("stepwise:num_random_samples")
 
IntegerOptionKey const stepwise::max_tries_multiplier_for_ccd ("stepwise:max_tries_multiplier_for_ccd")
 
IntegerOptionKey const stepwise::num_pose_minimize ("stepwise:num_pose_minimize")
 
BooleanOptionKey const stepwise::atr_rep_screen ("stepwise:atr_rep_screen")
 
BooleanOptionKey const stepwise::atr_rep_screen_for_docking ("stepwise:atr_rep_screen_for_docking")
 
StringOptionKey const stepwise::align_pdb ("stepwise:align_pdb")
 
StringOptionKey const stepwise::new_align_pdb ("stepwise:new_align_pdb")
 
BooleanOptionKey const stepwise::enumerate ("stepwise:enumerate")
 
BooleanOptionKey const stepwise::preminimize ("stepwise:preminimize")
 
BooleanOptionKey const stepwise::skip_preminimize ("stepwise:skip_preminimize")
 
BooleanOptionKey const stepwise::minimize_waters ("stepwise:minimize_waters")
 
BooleanOptionKey const stepwise::test_all_moves ("stepwise:test_all_moves")
 
BooleanOptionKey const stepwise::new_move_selector ("stepwise:new_move_selector")
 
BooleanOptionKey const stepwise::dump ("stepwise:dump")
 
BooleanOptionKey const stepwise::VERBOSE ("stepwise:VERBOSE")
 
BooleanOptionKey const stepwise::use_green_packer ("stepwise:use_green_packer")
 
RealOptionKey const stepwise::rmsd_screen ("stepwise:rmsd_screen")
 
BooleanOptionKey const stepwise::skip_minimize ("stepwise:skip_minimize")
 
BooleanOptionKey const stepwise::virtualize_packable_moieties_in_screening_pose ("stepwise:virtualize_packable_moieties_in_screening_pose")
 
StringOptionKey const stepwise::minimizer_mode ("stepwise:minimizer_mode")
 
StringOptionKey const stepwise::sampler_silent_file ("stepwise:sampler_silent_file")
 
BooleanOptionKey const stepwise::superimpose_over_all ("stepwise:superimpose_over_all")
 
ResidueChainVectorOptionKey const stepwise::alignment_anchor_res ("stepwise:alignment_anchor_res")
 
StringVectorOptionKey const stepwise::move ("stepwise:move")
 
StringOptionKey const stepwise::min_type ("stepwise:min_type")
 
RealOptionKey const stepwise::min_tolerance ("stepwise:min_tolerance")
 
BooleanOptionKey const stepwise::output_minimized_pose_list ("stepwise:output_minimized_pose_list")
 
BooleanOptionKey const stepwise::virtualize_free_moieties_in_native ("stepwise:virtualize_free_moieties_in_native")
 
BooleanOptionKey const stepwise::output_cluster_size ("stepwise:output_cluster_size")
 
BooleanOptionKey const stepwise::lores ("stepwise:lores")
 
BooleanOptionKey const stepwise::verbose_sampler ("stepwise:verbose_sampler")
 
BooleanOptionKey const stepwise::pack_protein_side_chains ("stepwise:pack_protein_side_chains")
 
IntegerVectorOptionKey const stepwise::definitely_virtualize ("stepwise:definitely_virtualize")
 
BooleanOptionKey const stepwise::force_moving_res_for_erraser ("stepwise:force_moving_res_for_erraser")
 
BooleanOptionKey const stepwise::boltzmann_choice_post_enumerated_minimize ("stepwise:boltzmann_choice_post_enumerated_minimize")
 
BooleanOptionKey const stepwise::monte_carlo::monte_carlo ("stepwise:monte_carlo")
 
BooleanOptionKey const stepwise::monte_carlo::verbose_scores ("stepwise:monte_carlo:verbose_scores")
 
BooleanOptionKey const stepwise::monte_carlo::skip_deletions ("stepwise:monte_carlo:skip_deletions")
 
BooleanOptionKey const stepwise::monte_carlo::allow_internal_hinge_moves ("stepwise:monte_carlo:allow_internal_hinge_moves")
 
BooleanOptionKey const stepwise::monte_carlo::allow_internal_local_moves ("stepwise:monte_carlo:allow_internal_local_moves")