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Namespaces | Variables
motifs.OptionKeys.gen.hh File Reference

basic::options::OptionKeys collection More...

#include <basic/options/keys/OptionKeys.hh>

Namespaces

 basic
 Tags used to tag messeges sent by MPI functions used to decide whether a slave is requesting a new job id or flagging as job as being a bad input.
 
 basic::options
 
 basic::options::OptionKeys
 
 basic::options::OptionKeys::motifs
 

Variables

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::motifs
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::close_enough
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::max_depth
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::keep_motif_xtal_location
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::pack_score_cutoff
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::hb_score_cutoff
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::water_score_cutoff
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::pack_min_threshold
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::pack_max_threshold
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::hbond_min_threshold
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::hbond_max_threshold
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::elec_min_threshold
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::elec_max_threshold
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::duplicate_dist_cutoff
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::duplicate_angle_cutoff
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::motif_output_directory
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::eliminate_weak_motifs
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::duplicate_motif_cutoff
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::preminimize_motif_pdbs
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::preminimize_motif_pdbs_sconly
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::place_adduct_waters
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::list_motifs
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::motif_filename
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::file_prefix
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::build_residue_file
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::motif_flexible_loop_file
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::residue_trim_file
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::BPData
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::list_dnaconformers
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::target_dna_defs
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::motif_build_defs
 
IntegerVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::motif_build_positions
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::r1
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::r2
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::z1
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::z2
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::dtest
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::rotlevel
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::num_repacks
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::minimize
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::minimize_dna
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::run_motifs
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::expand_motifs
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::aromatic_motifs
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::dump_motifs
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::quick_and_dirty
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::special_rotweight
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::output_file
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::data_file
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::target_aa
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::flex_sugar
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::clear_bprots
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::rots2add
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::restrict_to_wt
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::rerun_motifsearch
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::no_rotamer_bump
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::motifs::ligand_motif_sphere
 

Detailed Description

basic::options::OptionKeys collection

Author
Stuart G. Mentzer (Stuar.nosp@m.t_Me.nosp@m.ntzer.nosp@m.@obj.nosp@m.exx.c.nosp@m.om)
James M. Thompson (tex@u.nosp@m..was.nosp@m.hingt.nosp@m.on.e.nosp@m.du)