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rna::denovo Namespace Reference

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 minimize
 
 out
 

Functions

BooleanOptionKey const denovo ("rna:denovo")
 
IntegerOptionKey const cycles ("rna:denovo:cycles")
 
RealOptionKey const rna_protein_docking_freq ("rna:denovo:rna_protein_docking_freq")
 
IntegerOptionKey const rounds ("rna:denovo:rounds")
 
RealOptionKey const temperature ("rna:denovo:temperature")
 
BooleanOptionKey const minimize_rna ("rna:denovo:minimize_rna")
 
StringVectorOptionKey const sequence ("rna:denovo:sequence")
 
StringOptionKey const secstruct ("rna:denovo:secstruct")
 
StringOptionKey const secstruct_general ("rna:denovo:secstruct_general")
 
StringOptionKey const secstruct_file ("rna:denovo:secstruct_file")
 
StringOptionKey const secstruct_general_file ("rna:denovo:secstruct_general_file")
 
StringOptionKey const secstruct_legacy ("rna:denovo:secstruct_legacy")
 
StringOptionKey const lores_scorefxn ("rna:denovo:lores_scorefxn")
 
StringVectorOptionKey const set_lores_weights ("rna:denovo:set_lores_weights")
 
IntegerOptionKey const symm_hack_arity ("rna:denovo:symm_hack_arity")
 
IntegerOptionKey const exhaustive_fragment_insertion ("rna:denovo:exhaustive_fragment_insertion")
 
BooleanOptionKey const filter_lores_base_pairs ("rna:denovo:filter_lores_base_pairs")
 
BooleanOptionKey const filter_lores_base_pairs_early ("rna:denovo:filter_lores_base_pairs_early")
 
BooleanOptionKey const filter_chain_closure ("rna:denovo:filter_chain_closure")
 
BooleanOptionKey const filter_chain_closure_halfway ("rna:denovo:filter_chain_closure_halfway")
 
RealOptionKey const filter_chain_closure_distance ("rna:denovo:filter_chain_closure_distance")
 
BooleanOptionKey const relax_rna ("rna:denovo:relax_rna")
 
BooleanOptionKey const simple_relax ("rna:denovo:simple_relax")
 
BooleanOptionKey const ignore_secstruct ("rna:denovo:ignore_secstruct")
 
RealOptionKey const jump_change_frequency ("rna:denovo:jump_change_frequency")
 
BooleanOptionKey const close_loops ("rna:denovo:close_loops")
 
BooleanOptionKey const close_loops_after_each_move ("rna:denovo:close_loops_after_each_move")
 
BooleanOptionKey const heat ("rna:denovo:heat")
 
BooleanOptionKey const staged_constraints ("rna:denovo:staged_constraints")
 
StringOptionKey const jump_library_file ("rna:denovo:jump_library_file")
 
StringOptionKey const vall_torsions ("rna:denovo:vall_torsions")
 
BooleanOptionKey const use_1jj2_torsions ("rna:denovo:use_1jj2_torsions")
 
RealOptionKey const fuzz_fragments ("rna:denovo:fuzz_fragments")
 
RealOptionKey const rna_lores_chainbreak_weight ("rna:denovo:rna_lores_chainbreak_weight")
 
RealOptionKey const rna_lores_linear_chainbreak_weight ("rna:denovo:rna_lores_linear_chainbreak_weight")
 
BooleanOptionKey const fixed_stems ("rna:denovo:fixed_stems")
 
BooleanOptionKey const allow_bulge ("rna:denovo:allow_bulge")
 
IntegerVectorOptionKey const allowed_bulge_res ("rna:denovo:allowed_bulge_res")
 
BooleanOptionKey const allow_consecutive_bulges ("rna:denovo:allow_consecutive_bulges")
 
BooleanOptionKey const move_first_rigid_body ("rna:denovo:move_first_rigid_body")
 
BooleanOptionKey const root_at_first_rigid_body ("rna:denovo:root_at_first_rigid_body")
 
BooleanOptionKey const dock_each_chunk ("rna:denovo:dock_each_chunk")
 
BooleanOptionKey const dock_each_chunk_per_chain ("rna:denovo:dock_each_chunk_per_chain")
 
FileVectorOptionKey const dock_chunks ("rna:denovo:dock_chunks")
 
BooleanOptionKey const center_jumps_in_single_stranded ("rna:denovo:center_jumps_in_single_stranded")
 
FileVectorOptionKey const initial_structures ("rna:denovo:initial_structures")
 
BooleanOptionKey const ft_close_chains ("rna:denovo:ft_close_chains")
 
FileVectorOptionKey const helical_substructs ("rna:denovo:helical_substructs")
 
RealOptionKey const suppress_bp_constraint ("rna:denovo:suppress_bp_constraint")
 
BooleanOptionKey const output_filters ("rna:denovo:output_filters")
 
BooleanOptionKey const autofilter ("rna:denovo:autofilter")
 
BooleanOptionKey const no_filters ("rna:denovo:no_filters")
 
ResidueChainVectorOptionKey const output_res_num ("rna:denovo:output_res_num")
 
IntegerOptionKey const offset ("rna:denovo:offset")
 
ResidueChainVectorOptionKey const input_silent_res ("rna:denovo:input_silent_res")
 
ResidueChainVectorOptionKey const virtual_anchor ("rna:denovo:virtual_anchor")
 
ResidueChainVectorOptionKey const obligate_pair ("rna:denovo:obligate_pair")
 
StringVectorOptionKey const obligate_pair_explicit ("rna:denovo:obligate_pair_explicit")
 
StringVectorOptionKey const chain_connection ("rna:denovo:chain_connection")
 
ResidueChainVectorOptionKey const remove_pair ("rna:denovo:remove_pair")
 
ResidueChainVectorOptionKey const remove_obligate_pair ("rna:denovo:remove_obligate_pair")
 
StringOptionKey const refine_silent_file ("rna:denovo:refine_silent_file")
 
StringVectorOptionKey const refine_silent_tags ("rna:denovo:refine_silent_tags")
 
IntegerOptionKey const refine_silent_number_of_poses ("rna:denovo:refine_silent_number_of_poses")
 
StringOptionKey const get_fold_tree_from_silent_file ("rna:denovo:get_fold_tree_from_silent_file")
 
StringVectorOptionKey const fold_tree_from_silent_file_tag ("rna:denovo:fold_tree_from_silent_file_tag")
 
BooleanOptionKey const refine_native_get_good_FT ("rna:denovo:refine_native_get_good_FT")
 
BooleanOptionKey const refine_native ("rna:denovo:refine_native")
 
BooleanOptionKey const override_refine_pose_rounds ("rna:denovo:override_refine_pose_rounds")
 
BooleanOptionKey const bps_moves ("rna:denovo:bps_moves")
 
BooleanOptionKey const disallow_bps_at_extra_min_res ("rna:denovo:disallow_bps_at_extra_min_res")
 
BooleanOptionKey const allow_fragment_moves_in_bps ("rna:denovo:allow_fragment_moves_in_bps")
 
IntegerOptionKey const frag_size ("rna:denovo:frag_size")
 
BooleanOptionKey const VDW_rep_screen_include_sidechains ("rna:denovo:VDW_rep_screen_include_sidechains")
 
BooleanOptionKey const gradual_constraints ("rna:denovo:gradual_constraints")
 
BooleanOptionKey const ramp_rnp_vdw ("rna:denovo:ramp_rnp_vdw")
 
RealOptionKey const grid_vdw_weight ("rna:denovo:grid_vdw_weight")
 
StringOptionKey const tag ("rna:denovo:tag")
 
StringOptionKey const working_native ("rna:denovo:working_native")
 
BooleanOptionKey const use_legacy_setup ("rna:denovo:use_legacy_setup")
 
BooleanOptionKey const cst_gap ("rna:denovo:cst_gap")
 
BooleanOptionKey const convert_protein_CEN ("rna:denovo:convert_protein_CEN")
 
BooleanOptionKey const rna_protein_docking ("rna:denovo:rna_protein_docking")
 
BooleanOptionKey const small_docking_moves ("rna:denovo:small_docking_moves")
 
RealOptionKey const docking_move_size ("rna:denovo:docking_move_size")
 
BooleanOptionKey const rna_protein_docking_legacy ("rna:denovo:rna_protein_docking_legacy")
 
BooleanOptionKey const rnp_high_res_relax ("rna:denovo:rnp_high_res_relax")
 
IntegerOptionKey const rnp_high_res_cycles ("rna:denovo:rnp_high_res_cycles")
 
BooleanOptionKey const rnp_pack_first ("rna:denovo:rnp_pack_first")
 
BooleanOptionKey const rnp_min_first ("rna:denovo:rnp_min_first")
 
BooleanOptionKey const rnp_ramp_rep ("rna:denovo:rnp_ramp_rep")
 
BooleanOptionKey const new_fold_tree_initializer ("rna:denovo:new_fold_tree_initializer")
 
BooleanOptionKey const randomize_init_rnp ("rna:denovo:randomize_init_rnp")
 
BooleanOptionKey const dock_into_density ("rna:denovo:dock_into_density")
 
BooleanOptionKey const dock_into_density_legacy ("rna:denovo:dock_into_density_legacy")
 
IntegerVectorOptionKey const exclude_fragments ("rna:denovo:exclude_fragments")
 
StringOptionKey const exclusion_match_type ("rna:denovo:exclusion_match_type")
 
RealOptionKey const fragment_homology_rmsd ("rna:denovo:fragment_homology_rmsd")
 
BooleanOptionKey const exclude_native_fragments ("rna:denovo:exclude_native_fragments")
 
StringVectorOptionKey const exclude_fragment_files ("rna:denovo:exclude_fragment_files")
 
BooleanOptionKey const dump_stems ("rna:denovo:dump_stems")
 

Function Documentation

BooleanOptionKey const rna::denovo::allow_bulge ( "rna:denovo:allow_bulge"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::allow_consecutive_bulges ( "rna:denovo:allow_consecutive_bulges"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::allow_fragment_moves_in_bps ( "rna:denovo:allow_fragment_moves_in_bps"  )
IntegerVectorOptionKey const rna::denovo::allowed_bulge_res ( "rna:denovo:allowed_bulge_res"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::autofilter ( "rna:denovo:autofilter"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::bps_moves ( "rna:denovo:bps_moves"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::center_jumps_in_single_stranded ( "rna:denovo:center_jumps_in_single_stranded"  )
StringVectorOptionKey const rna::denovo::chain_connection ( "rna:denovo:chain_connection"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::close_loops ( "rna:denovo:close_loops"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::close_loops_after_each_move ( "rna:denovo:close_loops_after_each_move"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::convert_protein_CEN ( "rna:denovo:convert_protein_CEN"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::cst_gap ( "rna:denovo:cst_gap"  )
IntegerOptionKey const rna::denovo::cycles ( "rna:denovo:cycles"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::denovo ( "rna:denovo"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::disallow_bps_at_extra_min_res ( "rna:denovo:disallow_bps_at_extra_min_res"  )
FileVectorOptionKey const rna::denovo::dock_chunks ( "rna:denovo:dock_chunks"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::dock_each_chunk ( "rna:denovo:dock_each_chunk"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::dock_each_chunk_per_chain ( "rna:denovo:dock_each_chunk_per_chain"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::dock_into_density ( "rna:denovo:dock_into_density"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::dock_into_density_legacy ( "rna:denovo:dock_into_density_legacy"  )
RealOptionKey const rna::denovo::docking_move_size ( "rna:denovo:docking_move_size"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::dump_stems ( "rna:denovo:dump_stems"  )
StringVectorOptionKey const rna::denovo::exclude_fragment_files ( "rna:denovo:exclude_fragment_files"  )
IntegerVectorOptionKey const rna::denovo::exclude_fragments ( "rna:denovo:exclude_fragments"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::exclude_native_fragments ( "rna:denovo:exclude_native_fragments"  )
StringOptionKey const rna::denovo::exclusion_match_type ( "rna:denovo:exclusion_match_type"  )
IntegerOptionKey const rna::denovo::exhaustive_fragment_insertion ( "rna:denovo:exhaustive_fragment_insertion"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::filter_chain_closure ( "rna:denovo:filter_chain_closure"  )
RealOptionKey const rna::denovo::filter_chain_closure_distance ( "rna:denovo:filter_chain_closure_distance"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::filter_chain_closure_halfway ( "rna:denovo:filter_chain_closure_halfway"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::filter_lores_base_pairs ( "rna:denovo:filter_lores_base_pairs"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::filter_lores_base_pairs_early ( "rna:denovo:filter_lores_base_pairs_early"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::fixed_stems ( "rna:denovo:fixed_stems"  )
StringVectorOptionKey const rna::denovo::fold_tree_from_silent_file_tag ( "rna:denovo:fold_tree_from_silent_file_tag"  )
IntegerOptionKey const rna::denovo::frag_size ( "rna:denovo:frag_size"  )
RealOptionKey const rna::denovo::fragment_homology_rmsd ( "rna:denovo:fragment_homology_rmsd"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::ft_close_chains ( "rna:denovo:ft_close_chains"  )
RealOptionKey const rna::denovo::fuzz_fragments ( "rna:denovo:fuzz_fragments"  )
StringOptionKey const rna::denovo::get_fold_tree_from_silent_file ( "rna:denovo:get_fold_tree_from_silent_file"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::gradual_constraints ( "rna:denovo:gradual_constraints"  )
RealOptionKey const rna::denovo::grid_vdw_weight ( "rna:denovo:grid_vdw_weight"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::heat ( "rna:denovo:heat"  )
FileVectorOptionKey const rna::denovo::helical_substructs ( "rna:denovo:helical_substructs"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::ignore_secstruct ( "rna:denovo:ignore_secstruct"  )
FileVectorOptionKey const rna::denovo::initial_structures ( "rna:denovo:initial_structures"  )
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::input_silent_res ( "rna:denovo:input_silent_res"  )
RealOptionKey const rna::denovo::jump_change_frequency ( "rna:denovo:jump_change_frequency"  )
StringOptionKey const rna::denovo::jump_library_file ( "rna:denovo:jump_library_file"  )
StringOptionKey const rna::denovo::lores_scorefxn ( "rna:denovo:lores_scorefxn"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize_rna ( "rna:denovo:minimize_rna"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::move_first_rigid_body ( "rna:denovo:move_first_rigid_body"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::new_fold_tree_initializer ( "rna:denovo:new_fold_tree_initializer"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::no_filters ( "rna:denovo:no_filters"  )
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::obligate_pair ( "rna:denovo:obligate_pair"  )
StringVectorOptionKey const rna::denovo::obligate_pair_explicit ( "rna:denovo:obligate_pair_explicit"  )
IntegerOptionKey const rna::denovo::offset ( "rna:denovo:offset"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::output_filters ( "rna:denovo:output_filters"  )
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::output_res_num ( "rna:denovo:output_res_num"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::override_refine_pose_rounds ( "rna:denovo:override_refine_pose_rounds"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::ramp_rnp_vdw ( "rna:denovo:ramp_rnp_vdw"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::randomize_init_rnp ( "rna:denovo:randomize_init_rnp"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::refine_native ( "rna:denovo:refine_native"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::refine_native_get_good_FT ( "rna:denovo:refine_native_get_good_FT"  )
StringOptionKey const rna::denovo::refine_silent_file ( "rna:denovo:refine_silent_file"  )
IntegerOptionKey const rna::denovo::refine_silent_number_of_poses ( "rna:denovo:refine_silent_number_of_poses"  )
StringVectorOptionKey const rna::denovo::refine_silent_tags ( "rna:denovo:refine_silent_tags"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::relax_rna ( "rna:denovo:relax_rna"  )
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::remove_obligate_pair ( "rna:denovo:remove_obligate_pair"  )
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::remove_pair ( "rna:denovo:remove_pair"  )
RealOptionKey const rna::denovo::rna_lores_chainbreak_weight ( "rna:denovo:rna_lores_chainbreak_weight"  )
RealOptionKey const rna::denovo::rna_lores_linear_chainbreak_weight ( "rna:denovo:rna_lores_linear_chainbreak_weight"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::rna_protein_docking ( "rna:denovo:rna_protein_docking"  )
RealOptionKey const rna::denovo::rna_protein_docking_freq ( "rna:denovo:rna_protein_docking_freq"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::rna_protein_docking_legacy ( "rna:denovo:rna_protein_docking_legacy"  )
IntegerOptionKey const rna::denovo::rnp_high_res_cycles ( "rna:denovo:rnp_high_res_cycles"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::rnp_high_res_relax ( "rna:denovo:rnp_high_res_relax"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::rnp_min_first ( "rna:denovo:rnp_min_first"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::rnp_pack_first ( "rna:denovo:rnp_pack_first"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::rnp_ramp_rep ( "rna:denovo:rnp_ramp_rep"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::root_at_first_rigid_body ( "rna:denovo:root_at_first_rigid_body"  )
IntegerOptionKey const rna::denovo::rounds ( "rna:denovo:rounds"  )
StringOptionKey const rna::denovo::secstruct ( "rna:denovo:secstruct"  )
StringOptionKey const rna::denovo::secstruct_file ( "rna:denovo:secstruct_file"  )
StringOptionKey const rna::denovo::secstruct_general ( "rna:denovo:secstruct_general"  )
StringOptionKey const rna::denovo::secstruct_general_file ( "rna:denovo:secstruct_general_file"  )
StringOptionKey const rna::denovo::secstruct_legacy ( "rna:denovo:secstruct_legacy"  )
StringVectorOptionKey const rna::denovo::sequence ( "rna:denovo:sequence"  )
StringVectorOptionKey const rna::denovo::set_lores_weights ( "rna:denovo:set_lores_weights"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::simple_relax ( "rna:denovo:simple_relax"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::small_docking_moves ( "rna:denovo:small_docking_moves"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::staged_constraints ( "rna:denovo:staged_constraints"  )
RealOptionKey const rna::denovo::suppress_bp_constraint ( "rna:denovo:suppress_bp_constraint"  )
IntegerOptionKey const rna::denovo::symm_hack_arity ( "rna:denovo:symm_hack_arity"  )
StringOptionKey const rna::denovo::tag ( "rna:denovo:tag"  )
RealOptionKey const rna::denovo::temperature ( "rna:denovo:temperature"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::use_1jj2_torsions ( "rna:denovo:use_1jj2_torsions"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::use_legacy_setup ( "rna:denovo:use_legacy_setup"  )
StringOptionKey const rna::denovo::vall_torsions ( "rna:denovo:vall_torsions"  )
BooleanOptionKey const rna::denovo::VDW_rep_screen_include_sidechains ( "rna:denovo:VDW_rep_screen_include_sidechains"  )
ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::virtual_anchor ( "rna:denovo:virtual_anchor"  )
StringOptionKey const rna::denovo::working_native ( "rna:denovo:working_native"  )