Rosetta  2020.37
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Classes | Functions | Variables
mutant_modeler Namespace Reference

Classes

class  MutantModeler
 

Functions

def figure_out_WT_seq
 
def get_ss
 
def find_pairs
 
def list_NC_BPs
 
def list_mutated_BPs
 

Variables

list protein_residues
 
list protein_residues_1letter
 
list RNA_residues = [' A', ' U', ' C', ' G']
 
list RNA_residues_1letter = [ 'a', 'u', 'c', 'g' ]
 
dictionary pdb_to_one_letter
 

Function Documentation

def mutant_modeler.figure_out_WT_seq (   wt_struct)
def mutant_modeler.find_pairs (   secstruct)
def mutant_modeler.get_ss (   seq,
  T = 37 
)
def mutant_modeler.list_mutated_BPs (   bps,
  seq 
)
def mutant_modeler.list_NC_BPs (   bps,
  seq 
)

Variable Documentation

dictionary mutant_modeler.pdb_to_one_letter
Initial value:
1 = { ' A': 'a',
2  ' U': 'u',
3  ' C': 'c',
4  ' G': 'g',
5  'ALA': 'A',
6  'CYS': 'C',
7  'ASP': 'D',
8  'GLU': 'E',
9  'PHE': 'F',
10  'GLY': 'G',
11  'HIS': 'H',
12  'ILE': 'I',
13  'LYS': 'K',
14  'LEU': 'L',
15  'MET': 'M',
16  'ASN': 'N',
17  'PRO': 'P',
18  'GLN': 'Q',
19  'ARG': 'R',
20  'SER': 'S',
21  'THR': 'T',
22  'VAL': 'V',
23  'TRP': 'W',
24  'TYR': 'Y' }
list mutant_modeler.protein_residues
Initial value:
1 = ['ALA', 'CYS', 'ASP', 'GLU', 'PHE', 'GLY', 'HIS', 'ILE', 'LYS', 'LEU',
2  'MET', 'ASN', 'PRO', 'GLN', 'ARG', 'SER', 'THR', 'VAL', 'TRP', 'TYR' ]

Referenced by find_neighbors_directional().

list mutant_modeler.protein_residues_1letter
Initial value:
1 = [ 'A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K', 'L', 'M', 'N',
2  'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'Y']
list mutant_modeler.RNA_residues = [' A', ' U', ' C', ' G']
list mutant_modeler.RNA_residues_1letter = [ 'a', 'u', 'c', 'g' ]