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core::scoring::sasa::SasaCalc Member List

This is the complete list of members for core::scoring::sasa::SasaCalc, including all inherited members.

atom_sasa_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
atom_subset_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
big_polar_h_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
calc_per_res_sasas(const pose::Pose &pose)core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
calculate(const pose::Pose &pose)core::scoring::sasa::SasaCalc
calculate(const pose::Pose &pose, id::AtomID_Map< Real > &atom_sasa)core::scoring::sasa::SasaCalc
calculate(const pose::Pose &pose, utility::vector1< Real > &rsd_sasa, utility::vector1< Real > &rsd_hsasa)core::scoring::sasa::SasaCalc
calculate(const pose::Pose &pose, id::AtomID_Map< Real > &atom_sasa, utility::vector1< Real > &rsd_sasa, utility::vector1< Real > &rsd_hsasa)core::scoring::sasa::SasaCalc
calculate(const pose::Pose &pose, id::AtomID_Map< Real > &atom_sasa, utility::vector1< Real > &rsd_sasa, utility::vector1< Real > &rsd_hsasa, utility::vector1< Real > &rsd_rel_hsasa)core::scoring::sasa::SasaCalc
exclude_polar_all_in_hsasa_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
explicit_radii_set_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
fill_data(Real &total_hsasa, Real &total_rel_hsasa, id::AtomID_Map< Real > &atom_sasa, utility::vector1< Real > &rsd_sasa, utility::vector1< Real > &rsd_hsasa, utility::vector1< Real > &rel_hsasa)core::scoring::sasa::SasaCalc
get_atom_sasa() const core::scoring::sasa::SasaCalcinline
get_rel_hphobic_sasa_by_charge() const core::scoring::sasa::SasaCalcinline
get_residue_hsasa() const core::scoring::sasa::SasaCalcinline
get_residue_hsasa_bb() const core::scoring::sasa::SasaCalc
get_residue_hsasa_sc() const core::scoring::sasa::SasaCalcinline
get_residue_sasa() const core::scoring::sasa::SasaCalcinline
get_residue_sasa_bb() const core::scoring::sasa::SasaCalc
get_residue_sasa_sc() const core::scoring::sasa::SasaCalcinline
get_total_hsasa() const core::scoring::sasa::SasaCalcinline
get_total_hsasa_bb() const core::scoring::sasa::SasaCalcinline
get_total_hsasa_sc() const core::scoring::sasa::SasaCalcinline
get_total_rel_hsasa() const core::scoring::sasa::SasaCalcinline
get_total_sasa() const core::scoring::sasa::SasaCalcinline
get_total_sasa_bb() const core::scoring::sasa::SasaCalcinline
get_total_sasa_sc() const core::scoring::sasa::SasaCalcinline
implicit_radii_set_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
include_c_s_only_in_hsasa_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
include_hydrogens_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
include_probe_radius_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
init(const pose::Pose &pose)core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
method_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
method_type_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
polar_charge_cutoff_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
probe_radius_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
rel_hydrophobic_sasa_by_charge_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
rsd_hsasa_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
rsd_hsasa_sc_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
rsd_sasa_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
rsd_sasa_sc_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
sasa_method_hp_mode() const core::scoring::sasa::SasaCalcinline
sasa_method_hp_mode_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
SasaCalc()core::scoring::sasa::SasaCalc
SasaCalc(SasaMethodEnum method)core::scoring::sasa::SasaCalc
set_calculation_method(SasaMethodEnum method)core::scoring::sasa::SasaCalc
set_defaults()core::scoring::sasa::SasaCalc
set_exclude_polar_atoms_by_charge(bool exclude_polar_all)core::scoring::sasa::SasaCalc
set_explicit_hydrogen_included_radii_set(SasaRadii radii_set)core::scoring::sasa::SasaCalc
set_implicit_hydrogen_included_radii_set(SasaRadii radii_set)core::scoring::sasa::SasaCalc
set_include_carbon_sulfer_only_in_hydrophobic_calc(bool include_c_s_only)core::scoring::sasa::SasaCalc
set_include_hydrogens_explicitly(bool include_hydrogens)core::scoring::sasa::SasaCalc
set_include_probe_radius_in_atom_radii(bool include_probe_radius)core::scoring::sasa::SasaCalc
set_polar_charge_cutoff(Real cutoff)core::scoring::sasa::SasaCalc
set_probe_radius(Real probe_radius)core::scoring::sasa::SasaCalc
set_sasa_method_hp_mode(SasaMethodHPMode const mode_in)core::scoring::sasa::SasaCalc
set_use_big_polar_hydrogen(bool big_polar_h)core::scoring::sasa::SasaCalc
setup_sasa_method(SasaRadii radii_set)core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
total_hsasa_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
total_hsasa_sc_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
total_rel_hsasa_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
total_sasa_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
total_sasa_sc_core::scoring::sasa::SasaCalcprivate
~SasaCalc() overridecore::scoring::sasa::SasaCalc