You are here

ligand_docking: ligand preparation

1 post / 0 new
ligand_docking: ligand preparation
#1

Hi, I am using mol-to-param script to generate param files of my conformer. the sdf file looks normal before generation. But the PDB looks weird with some bonds connected to each other when I visualize it in pymol software however it looks totally fine in chemdoodle3D. Anyone has any clue about this? 

The PDB with weird structure looks like this:

HETATM    1  P1  FMN X   1       9.575 -36.329 -12.137  1.00 20.00           P  
HETATM    2  C1  FMN X   1       8.227 -34.156 -12.834  1.00 20.00           C  
HETATM    3  N1  FMN X   1       3.372 -35.765 -10.079  1.00 20.00           N  
HETATM    4  O1  FMN X   1      10.967 -36.829 -12.467  1.00 20.00           O  
HETATM    5  C2  FMN X   1       6.902 -34.774 -12.377  1.00 20.00           C  
HETATM    6  N2  FMN X   1       1.340 -35.396  -8.874  1.00 20.00           N  
HETATM    7  O2  FMN X   1       8.606 -37.496 -12.186  1.00 20.00           O  
HETATM    8  C3  FMN X   1       6.268 -35.660 -13.449  1.00 20.00           C  
HETATM    9  N3  FMN X   1       1.081 -38.492 -10.841  1.00 20.00           N  
HETATM   10  O3  FMN X   1       9.547 -35.681 -10.765  1.00 20.00           O  
HETATM   11  C4  FMN X   1       4.937 -36.263 -13.003  1.00 20.00           C  
HETATM   12  N4  FMN X   1       3.628 -37.651 -11.468  1.00 20.00           N  
HETATM   13  O4  FMN X   1       9.108 -35.193 -13.184  1.00 20.00           O  
HETATM   14  C5  FMN X   1       5.031 -37.159 -11.740  1.00 20.00           C  
HETATM   15  O5  FMN X   1       6.032 -33.717 -12.030  1.00 20.00           O  
HETATM   16  C6  FMN X   1       2.622 -35.008  -9.213  1.00 20.00           C  
HETATM   17  O6  FMN X   1       7.160 -36.716 -13.767  1.00 20.00           O  
HETATM   18  C7  FMN X   1       0.818 -36.561  -9.401  1.00 20.00           C  
HETATM   19  O7  FMN X   1       4.395 -36.962 -14.125  1.00 20.00           O  
HETATM   20  C8  FMN X   1       1.577 -37.328 -10.281  1.00 20.00           C  
HETATM   21  O8  FMN X   1       3.109 -33.982  -8.748  1.00 20.00           O  
HETATM   22  C9  FMN X   1       1.853 -39.255 -11.702  1.00 20.00           C  
HETATM   23  O9  FMN X   1      -0.323 -36.912  -9.083  1.00 20.00           O  
HETATM   24  C10 FMN X   1       1.348 -40.432 -12.255  1.00 20.00           C  
HETATM   25  C11 FMN X   1       2.124 -41.196 -13.132  1.00 20.00           C  
HETATM   26  C12 FMN X   1       1.591 -42.470 -13.730  1.00 20.00           C  
HETATM   27  C13 FMN X   1       3.408 -40.769 -13.450  1.00 20.00           C  
HETATM   28  C14 FMN X   1       4.261 -41.580 -14.383  1.00 20.00           C  
HETATM   29  C15 FMN X   1       3.908 -39.592 -12.898  1.00 20.00           C  
HETATM   30  C16 FMN X   1       3.140 -38.834 -12.018  1.00 20.00           C  
HETATM   31  C17 FMN X   1       2.852 -36.916 -10.613  1.00 20.00           C  
HETATM   32  H1  FMN X   1      11.217 -37.525 -11.840  1.00 20.00           H  
HETATM   33  H2  FMN X   1       8.059 -33.526 -13.682  1.00 20.00           H  
HETATM   34  H3  FMN X   1       8.649 -33.569 -12.046  1.00 20.00           H  
HETATM   35  H4  FMN X   1       7.085 -35.412 -11.537  1.00 20.00           H  
HETATM   36  H5  FMN X   1       5.309 -34.058 -11.480  1.00 20.00           H  
HETATM   37  H6  FMN X   1       6.078 -35.041 -14.301  1.00 20.00           H  
HETATM   38  H7  FMN X   1       7.531 -37.084 -12.949  1.00 20.00           H  
HETATM   39  H8  FMN X   1       4.287 -35.472 -12.694  1.00 20.00           H  
HETATM   40  H9  FMN X   1       3.443 -37.096 -13.993  1.00 20.00           H  
HETATM   41  H10 FMN X   1       5.393 -36.592 -10.909  1.00 20.00           H  
HETATM   42  H11 FMN X   1       5.708 -37.975 -11.890  1.00 20.00           H  
HETATM   43  H12 FMN X   1       0.802 -34.846  -8.260  1.00 20.00           H  
HETATM   44  H13 FMN X   1       0.393 -40.742 -12.015  1.00 20.00           H  
HETATM   45  H14 FMN X   1       0.595 -42.641 -13.377  1.00 20.00           H  
HETATM   46  H15 FMN X   1       2.217 -43.289 -13.441  1.00 20.00           H  
HETATM   47  H16 FMN X   1       1.581 -42.387 -14.796  1.00 20.00           H  
HETATM   48  H17 FMN X   1       3.716 -42.443 -14.705  1.00 20.00           H  
HETATM   49  H18 FMN X   1       5.150 -41.890 -13.875  1.00 20.00           H  
HETATM   50  H19 FMN X   1       4.524 -40.987 -15.233  1.00 20.00           H  
HETATM   51  H20 FMN X   1       4.859 -39.279 -13.144  1.00 20.00           H  
TER                                                                             
 

Category: 
Post Situation: 
Thu, 2020-07-02 07:05
Alison_Yajie